Kim Nhật Thành vốn là người thuộc một gia đình theo Phong trào Giám Lý[10]. Cha ông, Kim Hyong-jik, cưới Kang Pan-sŏk khi mới 15 tuổi[11], và làm cha khi mới có 17 tuổi và theo học một trường Tin Lành. Sau đó ông rời trường, và có học y học Trung Quốc. Ông tham gia phong trào kháng Nhật và bị người Nhật truy nã. Ông có tham gia phong trào 1 tháng 3 năm 1919, và cùng vợ trốn sang Mãn Châu năm 1920. Có một trường mang tên ông ở Bình Nhưỡng.

Bố mẹ của Kim Nhật Thành là Kim Hyong-jik, Kim Bo-hyon và Li Bo-ik[11], được coi là những nhà hoạt động ái quốc đã tham gia vào phong trào kháng chiến chống Nhật ở Triều Tiên hồi đầu thế kỷ 20.